بقایی همواره همکاری نزدیکی با بیژن بیرنگ و مسعود رسام دارد که از آنجمله می‌توان به مجموعه تلویزیونی همسران، «سرزمین سبز»، «قطار ابدی» و «سیب خنده» (مجموعه طنز برای کودکان) اشاره کرد. از آخرین فعالیت‌های تلویزیونی وی می‌توان کارگردانی سری دوم مجموعه «بازهم زندگی» را نام برد. وی همچنین در یکی از قسمت‌های سری نخستین این مجموعه با عنوان «جناب مستطاب آشپری» با شرکت نجف دریابندری و همسرش «فهیمه راستکار»، به موضوع کتاب مستطاب آشپزی (نوشته نجف دریابندری) می‌پرداخت در یک گزارش طنز به کندوکاو در آبگوشت فروشی‌های تهران پرداخت.

بهروز بقایی در آبان ۱۳۸۸ پیش‌از حضور در اجرای نمایش «هملت با سالاد فصل» دچار عارضه قلبی شد و در بیمارستان بستری شد. او قبل از ورود به تماشاخانه سنگلج دچار سکته قلبی و مغزی شد که بلافاصله بعد از این اتفاق به بیمارستان شماره ۲ انتقال داده شد. اما به دلیل کمبود امکانات بیمارستان به بیمارستان جم انتقال داده شد.

تلویزیون :

• خندوانه
• تله‌فیلم «آذر، پایان پائیز»
• به کجا چنین شتابان
• بزرگمرد کوچک
• توی گوش سالمم زمزمه کن
• نیمکت
• غنچه و خال جون کوکب
• دیروز ، امروز ، فردا
• کارگردان
• حیات خلوت
• توپ گرد
• تازه چه خبر همسایه ؟
• دوستانه
• نوروزی ها
• مثل زندگی
• داستان های نوروز
• قطار ابدی
• پائیز بلند
• آقای حسابی
• شب روباه
• دنیای شیرین دریا
• هفت سنگ
• سیب خنده
• خانواده رضایت
• دنیای شیرین
• تهران ۱۱-۵۹۵ج۴۸
• تله‌تئاتر «توراندخت»
• نوعی دیگر
• خانه سبز
• ماه مهربان
• دزدان مادربزرگ
• همسران
• تله‌تئاتر «شاهدی برای تعقیب»
• تله‌تئاتر «دشمن مردم»
• تله‌تئاتر معمای یک قتل
• تله‌تئاتر «فیزیک‌دان‌ها»
• قصه‌های بابا
• تله‌تئاتر «واریتهٔ آمریکایی»
• فراموشخانه (فراماسونری)
• عطر گل یاس
• آلبوم خانوادگی
• تله‌تئاتر «مبارزان کازبا»
• کوچک جنگلی
• تله‌تئاتر «تفنگ و شاخه زیتون»
• نهضت های آزادی بخش
• تله‌تئاتر «آسانسور»
• تله تئاتر «خانه سالمندان»
• تله‌تئاتر «گل یاس»
• تله‌تئاتر «عروسک‌ها»
• تله‌تئاتر «مرگ دستفروش»
• سربداران
• ۱۳ نمایش برای کودکان 

سینما :

• سیب و سلما (۱۳۸۹)
• یک وجب از آسمان (۱۳۸۷)
• هفت سنگ (۱۳۷۶)
• پاییز بلند (۱۳۷۲)
• پرواز پنجم ژوئن (۱۳۶۸)
• شناسایی (۱۳۶۶)
• تاریخ‌سازان (۱۳۵۹)

فیلم‌های کوتاه :

• عرض‌حال (فرزانه حیدرزاده، ۱۳۶۹)